馬英九在接受臺灣媒體采訪時表示，自他上任以來，兩岸關系有相當大的進展，盡管中間出現了一些小波瀾，但都不是關鍵，大的趨勢很清楚，只要往這個方向運作，兩岸能夠找到永續的和平。

　　他說，他推動兩岸政策主要是希望為下一代提供更好環境，兩岸的問題大家都要面對，否則卡在這裏會變成雙輸。“臺灣不往這條路繼續走，將來真的是非常困難。”

　　此前，臺灣“國安會秘書長”金溥聰、陸委會主委王鬱琦相繼請辭，兩岸人事動蕩，令人憂心兩岸關系的變化。臺灣逢甲大學公共政策研究所副教授、公共政策研究中心主任馬彥彬對此表示，馬英九在沒有競爭壓力之下，可以從容布局與大陸的攻防。而對大陸而言，無法寄望國民黨之下，對民進黨宣示底線、劃定紅線的預防性動作，自然會比繼續推動兩岸關系取得更高的優先性。

　　馬彥彬認為，馬英九當下面對是“隨波逐流”還是“力挽狂瀾”的抉擇，既然過去“先經後政、只經不政”的兩岸路線已經無以為繼，國民黨不但不該退縮，更應該大步向前，超越維持現狀“不統、不獨、不武”的負向思維，正向直指兩岸政治關系的核心議題，正式提出“兩岸政治安排”正面主張，重建“兩岸前途”的論述。

　　金溥聰、王鬱琦堪稱馬英九團隊中核心的核心，如今雙雙請辭，對馬英九打擊很大；尤其陸委會主委的繼任人選若不能讓人耳目一新、或迅速展現引領民意的能力，只是繼續尾隨民意、試圖取悅“婉君”(網軍)，推動在臺灣內部最安全的“反中”、“防中”路線，可能造成“馬英九凍結兩岸關系發展”的印象，甚至被解讀為2008年以來兩岸和平發展的政策已自認失敗，兩岸關系倒退歸零，坐等下一屆政府重新啟動或關閉。

　　馬彥彬提到，大陸國臺辦在2月11日的新聞發布會中，對於王鬱琦辭職的反應，雖說“人事的變動不應該影響到機制的運作”，但在提到去年以來“國臺辦與臺灣陸委會建立了常態化的聯系溝通工作機制”時，前一句是“在堅持“九二共識”的基礎上”，亦即此一機制雖已常態化，但是有前提條件;言外之意是假若前提有變，常態化機制即可能停擺。