此事引發兩岸共同關注，臺北最早的反應，是訓令駐馬尼拉的代表處致電菲方表達強烈抗議；並要求菲國正式道歉、緝凶、賠償；但菲國不承認“執行”有錯，只消極的回應需再調查。大陸外交部和國台辦第一時間做出回應，對事件表示嚴重關切，強烈譴責菲方，要求儘快徹查真相、嚴懲兇手，並對事態發展保持密切關注。而美方對此僅表示“遺憾”，美國承認一直就此事與臺、菲當局保持聯繫，“歡迎”菲律賓政府作出進行全面透明調查的承諾，“敦促”各方不要採取挑釁措施。

　　菲律賓總統阿基諾三世指示馬尼拉經濟文化辦事處（MECO）理事主席佩雷斯（Amadeo R. Perez）為個人代表，赴臺灣道歉，但臺方認為，佩雷斯並沒有被充分授權。並且菲強調這不是故意的事件，拖泥帶水、避重就輕，也沒回應臺方的要求。菲總統府馬拉坎南宮下午發表聲明，“菲律賓總統阿基諾三世已指示佩雷斯為他的個人代表，就不幸與無意造成的生命損失，傳達他和菲律賓人民對洪石成家屬與臺灣人民的遺憾與道歉之意。”

　　面對菲律賓拖遝敷衍的態度，臺灣持續加強制裁、反制力度，臺灣府院高層15日早召開會議，馬英九無法接受菲律賓如此輕率敷衍的結果，裁示即刻採取凍結菲勞申請、召回臺灣駐菲律賓代表，以及要求菲律賓駐臺代表返國協助妥善處理本案等三項制裁措施。

　　除了這些明面的官方表態外，兩岸民間在網路上也聯手對“敵”，癱瘓了菲律賓多家網站。大陸東海艦隊13日通過巴士海峽，前往南海進行訓練，分析認為，應是藉機向菲國施壓。民間、軍方的動作都為臺灣強硬對菲提供了有利的支持。正是來自大陸的這種有力支持，才讓臺灣在對菲律賓態度上底氣十足。

　　此次事件菲律賓是理虧的一方，但美方的態度卻明顯偏向菲律賓。這顯示臺灣雖然自認為是美國的“戰略夥伴”，但面對菲律賓這個美國“戰略盟友”，在與美親密程度上尚有所不及。相比之下，大陸對臺灣的支持則要及時、明確得多，“患難見真情，這時候才能看出誰遠誰近”。在美方態度不符期待的情況下，大陸的因素對臺灣來說就更顯重要。

　　從菲律賓一貫的表現來看，其就是南海上“最野蠻”的國家。之前，它就曾射殺過臺漁民。因此，它當受到堅決反制，這也是為了南海和平與穩定保持各方最低默契的需要。

　　兩岸攜手的呼聲在島內也越來越強。據中時最新民調，希望兩岸共同合作對付菲律賓的臺灣民眾，已經超過74%。遇害船員洪石成的家人日前在接受新華社駐臺記者採訪時表示，希望大陸能為在與菲律賓爭議海域作業的臺灣漁民護漁。琉球區漁會總幹事蔡寶興表達了希望兩岸聯合護漁的願望。他說，不少漁民贊同兩岸聯合護漁，而且之前一些臺灣漁船經過比較危險的海域，如海盜出沒的麻六甲海峽時，都是掛大陸的五星紅旗。臺菲漁業談判因為有大陸因素，菲律賓如今才願意跟臺灣談。而且如果兩岸聯合的話，可能會談成。

　　每年5月黑鮪魚季，臺灣漁船都會來到臺菲經濟專屬區重疊海域捕魚，但一直面臨被菲方扣押、攻擊等危險。該海域幅員廣大，單方面護漁行動難以面面俱到。

　　對臺灣而言，應當轉變立場，與大陸方面聯手護漁，如部分海域由臺方艦隻巡弋，部分由大陸艦隻巡弋，形成事實上的共同護漁。確保臺灣漁民人身財產安全，共同維護兩岸中國人的合法權益。

　　對大陸而言，也可用更多具體行動支持臺灣，如透過事威懾積極施壓來壓制菲律賓的氣焰，防止其錯估形勢。此外，大陸軍方還可強化在黃岩島海域的軍事存在感，提升菲律賓周邊海域的漁政、海監執法力度，讓菲律賓面對巴士海峽、黃岩島的雙重壓力，以事實上的分進合擊，展示兩岸攜手維護自身利益的實力和決心，為最終解決南海問題創造條件。