長期以來，在扁政府主導下，兩岸經濟關係被有意染上意識形態色彩，以致兩岸談判舉步維艱，中國方面鑒於陳水扁強烈的“台獨”意識而拒絕與之往來。臺灣雖然每年與中國大陸都有將近500億美元的貿易順差，大陸每年都推出幾十項對台優惠經濟政策，為臺灣的經濟發展和維持每年5%左右的GDP增長起到不可低估的作用；但扁政府刻意淡化或忽略這一數字，其目的是避開談中國對臺灣的經濟影響力，然後扭曲馬英九“兩岸共同市場”的內容，操弄臺灣族群意識。

    中國總理溫家寶在3月18日新聞記者招待會上，針對兩岸經貿關係釋出極大善意，他指出：牢牢把握兩岸關係和平發展的主題，鼓勵兩岸同胞加強交往、增進共識，積極促進兩岸經濟文化交流，推動直接“三通”。實施和充實惠及廣大臺灣同胞的政策措施，支持海峽兩岸和其他台商投資相對集中地區經濟發展。爭取在一個中國的原則基礎上儘快恢復兩岸協商談判，解決兩岸同胞關心的重大問題。

    馬英九在3.22當選後，針對兩岸問題，強調回歸9.2共識，對等談判，要開創兩岸經貿協商新時代。在其經濟政策主張裏，要以兩岸連結突破參與區域合作瓶頸 ，結合產官學力量，推動「東亞區域整合論壇」，邀集東亞各國產官學界參與，為形塑涵蓋台灣的制度化區域經濟整合，凝聚共識。 並要參加東協十加三、 東協十加六等區域經濟整合安排，逐步實現「全台自由貿易區」。

    從兩岸釋出的經貿政策來看，雙方都在摒棄以往的意識形態差異，都向前邁進了一步，這對兩岸經濟都具有非常積極的現實意義。但是馬英九要實現他未來的經濟主張，必須要和大陸進行真誠的協商談判。在談判過程中，馬英九如果為了照顧綠營群眾的情緒而堅持要大陸在“撤飛彈” 和“西藏”問題上表態，勢必使談判陷入僵局，因為在大陸目前的政治氣候下，大陸不可能在這個問題上完全滿足臺灣部分人的意願。

    馬英九在選舉前夕對西藏暴亂以及抵制北京奧運的言論已引起部分大陸群眾的不滿，在中國大陸全民迎北京奧運的時刻發表這種言論，雖然為馬英九在臺灣大選中加分，但卻在大陸人民心中留下陰影，增加了未來了兩岸談判的變數。因此，馬英九未來如何帶領臺灣走出目前的困境，以及以務實的態度來實現其承諾的經濟主張，真正與大陸建立通暢的貿易關係，還需要考驗他的領袖智慧。