英九表示，“兩岸關係首先可由經濟方面建立，消除障礙，包括先落實三通。”根據馬英九的規劃，在今年5 月20 日就職後將立即宣佈開放7 個機場，以及開放貨運直航的7 個商港。馬英九欲打造臺灣成為亞洲樞紐，訂出直航時間表，今年7 月1 日之前“週末包機”正式啟航，年底前每日包機開始飛行，明年6 月前把“包機”變成正式“班機”，即是兩岸完全實現直航。另外，馬英九也欲借大陸旅客來台旅遊振興臺灣經濟，將在今年7 月1 日前開放大陸觀光客到臺灣，初期每天3000 人，並逐年增加，目標是開放第4 年達到每天10000 人。

    兩岸三通是大陸與臺灣直接通郵、通商及通航，前兩者基本上已開通，但直接通航則在民進黨執政以來一直未實現，令兩岸民眾乘搭航機往來兩岸，必須經過香港或其他第三地轉機，航程時間迂回加長，貨運上也須依賴香港作為仲介角色。去年頭11 個月，臺灣及大陸產品經香港轉口的貿易總金額高達221.19 億美元，令香港受益甚豐。可見，兩岸一旦開放三通，香港的仲介角色將被削弱，物流業和旅遊業將會受到一定程度的打擊，這對本已處下行通道的香港經濟更帶來負面影響。