臺灣南部屏東縣是臺灣海水魚的養殖重鎮，更是全臺石斑魚的主要生產地，但是此次莫拉克風災，使臺灣養殖漁業受創非常慘重，全臺有 6900 多公頃養殖魚塭受災，損失金額高達 41 億2000 多萬，為臺灣各產業災損金額最高者，也是臺灣養殖漁業歷史上災損金額最高的一次。
　　為此，為協助重振臺灣養殖漁業，臺灣農委會 30日宣布，大幅提高「養殖漁業天然災害低利貸款額度」，其中「龍膽石斑」從每公頃 100 萬、提高 8 倍到800 萬；「鰻魚及石斑」從 100 萬、提高 5 倍到 500萬；「海水鯛類及觀賞魚」從 40 萬、提高到 300 萬；「其他養殖魚介類」從每公頃 40 萬、提高到 200萬。
　　以上貸款年期長達 7 年，利率也從原本的 1.25%、再降到 1% ，本金也可以緩繳 2 年，利息可以緩繳1 年。
　　但是，由於臺灣漁業養殖受創太慘重，臺灣農委會預估，即便有相關重建協助措施，島內石斑魚產業也要到 3 年後 (2012年) ，才能恢復原本的養殖規模，到2015 年、 6 年後，才能達到產值倍增，才能恢復臺灣擁有「石斑養殖王國」的美譽。